引起慢性胃竇炎的主要細菌是幽門螺桿菌，不光是慢性胃竇炎，幽門螺桿菌是造成慢性胃炎的非常重要的感染性因素。胃內寄生的這種幽門螺桿菌，胃黏膜就會存在慢性的持續性的炎癥。嚴重的時候，還可造成胃黏膜的萎縮出現腸上皮化生等病理學的改變。如果感染了幽門螺桿菌以后，醫生會根據胃黏膜的影像學的變化，以及患者有無胃癌家族史，或者是長期口服非甾體類抗炎藥物、質子泵抑制劑類藥物等危險因素，來酌情建議患者是否進行幽門螺桿菌的根除。如果患者進行了胃鏡檢查，僅僅是提示比較輕度的非萎縮性的胃炎，同時也沒有上述危險因素。醫生會和患者進行溝通，將根除幽門螺桿菌的利弊。特別是根除所需用的藥物可能產生的不良反應，以及根除率并不是能達到100%，根除后再感染的風險，和患者進行仔細的溝通后，再共同決定是否進行治療。