利福平異煙肼主要的副作用是血液和淋巴系統的失調，罕見的副作用包括暫時性白細胞減少和嗜酸性粒細胞增多。在少數情況下間歇治療比連續治療更容易出現血小板減少，以及血小板減少性紫癜的癥狀，還有報道表明如果在出現紫癜后繼續服用利福平會出現腦出血并發癥，嚴重會引起死亡。此外利福平異煙肼的副作用還包括溶血和溶血性貧血等，所以在使用過程中需要注意的禁忌是對其中的利福平和異煙肼過敏的患者禁止使用。因為利福平異煙肼是復方制劑，里面含有的成分包括利福平和異煙肼，對肝功能障礙、膽道梗阻、3個月內的孕婦、痛風患者、精神病、癲癇病、糖尿病有眼底病變的患者都需要禁忌使用。在用藥過程中還需要注意聯合用藥的禁忌，如禁忌和伏立康唑和蛋白酶的抑制劑聯合使用，還需要注意對酒精中毒、老年、糖尿病、肝功能損害、腎功能減退的患者慎用。