卵泡發育不良的病因較復雜，卵泡從發育到成熟需經多方面調節，其中性腺軸本身調節問題、全身任何內分泌原因都可能影響卵泡發育。如下丘腦-垂體-卵巢軸功能紊亂，會導致激素分泌紊亂，導致卵泡發育不良，其中發病率較高且常見疾病為多囊卵巢綜合征和甲狀腺疾病。 不管是甲狀腺功能亢進還是甲狀腺功能減退，均可導致卵子發育障礙；而糖尿病等內分泌代謝疾病、肥胖和其它導致胰島素抵抗因素，也會導致卵泡發育障礙，出現不孕。