膽總管囊腫在剛發現時惡性概率比較小，但隨著患病時間延長，如果不進行處理，其發生癌變的概率比較高。目前不同文獻對于膽囊管囊腫發生癌變的概率，還存在比較大的差別。?文獻報道的大概范圍是3%-30%，之所以膽囊管囊腫發生癌變概率存在較大差異，主要是與膽總管囊腫發現的時間，以及觀察的時間存在較大差別有關系。如果膽囊管囊腫發現比較早，而不做處理，觀察的時間比較長，相應的以后發生癌變的幾率就會比較高。而如果膽囊管囊腫發現以后就及時進行手術切除，在以后發生癌變的幾率就會明顯減少。但所有膽總管囊腫患者即使通過手術切除，剩余膽道系統在日后發生癌變的概率仍高于普通人群。所以對于所有的膽囊管囊腫患者而言，在發現膽囊管囊腫以后，都應該盡快到醫院找專業的醫生進行評估。對于有需要手術治療又不存在手術禁忌的膽總管囊腫，應該盡早切除，在切除以后應定期復查，發現有異常再及時處理。