小兒動眼神經損傷的預后，和損傷原因以及損傷程度都有關系。發生小兒動眼神經損傷，早期可以用藥物保守治療，包括營養神經藥物、減輕水腫藥物等。通過藥物治療，多數兒童動眼神經損傷能慢慢恢復。兒童或者青少年因為生命力相對較旺盛，所以恢復的可能性較大，治愈的可能性較大。 如果通過藥物治療，超過六個月患兒的動眼神經損傷之后引起的癥狀還不能有效改善，可以進行手術干預，一定要經過藥物治療超過六個月之后無效再進行手術干預。