半夜頭痛的原因一般是吹風、受涼引起的神經痛，如果半夜頭痛比較嚴重，一般要考慮是不是器質性疾病造成，器質性疾病一般跟腦子疾病有關系，具體原因如下：1、腦出血：夜間突然血管破裂造成腦出血，也會出現半夜頭痛癥狀，這種比較嚴重，會出現頭痛伴惡心、嘔吐等高顱壓的癥狀；2、顱內感染：也會出現頭痛的癥狀，到了晚上加重，因此主要需要排除大腦內的器質性問題；3、腦炎、腦腫瘤、腦積水：都會造成半夜頭痛的癥狀，因此先要排除中樞神經的問題；4、病毒感染：如果頭痛是針刺樣，可能是因為病毒感染引起的神經痛，這種頭痛一般與半夜睡眠不足，或者睡不著覺免疫力下降引起的病毒感染有關，予以抗病毒治療即可；5、其他原因：有些睡眠質量欠佳的人也會出現半夜偏頭痛發作，也與疲勞免疫力下降有關系，以及情緒波動、女性生理期等有關，也會出現半夜頭痛。