胃底腺息肉的治療，要根據其大小決定。較大的胃底腺息肉，建議要胃鏡下進行切除，不需要手術切除，較小的息肉如0.2cm、0.3cm、0.5cm的小息肉，部分患者甚至很多，通常不一定需要處理。胃底腺息肉屬于良性病變，其惡變的可能性很小，通常情況不需要特殊處理，進行觀察、隨訪、隨診即可。部分患者的胃底腺息肉，與長期服用質子泵抑制劑有關，包括奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等，屬于在胃病當中較常用抑制胃酸的藥物。藥物抑制胃酸的作用非常強，會導致胃底腺出現反饋性增生，形成胃底腺息肉，需要進行定期觀察、隨訪，可不用進行治療，因為它惡變的可能性非常小。