新型冠狀病毒感染雖然可以造成咽痛的表現，類似急性咽扁桃體炎或者急性皰疹性咽峽炎的表現，但是扁桃體上不會出現皰疹、膿性分泌物等表現。另外，如果扁桃體發炎，還要結合流行病學史來進一步地判斷是否存在新型冠狀病毒感染。扁桃體發炎通常的疾病是急性咽扁桃體炎，是溶血性鏈球菌感染引起。臨床表現可以有咽痛、發熱，在體檢的時候可以發現扁桃體腫大、充血，扁桃體表面有黃色的膿性分泌物。除了急性咽扁桃體炎之外，急性皰疹性咽峽炎也可以出現扁桃體發炎的表現，主要也是咽痛、發熱的表現。另外，在咽腭弓、懸雍垂、扁桃體上可以見到皰疹，并且可以看到灰白色的分泌物，以上是扁桃體發炎的時候最常見的疾病。