慢性間質性腎炎首先盡可能明確病因，根據病因與病理給予針對性治療。慢性間質性腎炎是由多種病引起，表現為腎小管功能異常的進展性慢性腎衰竭，以腎小管萎縮、腎間質炎癥細胞浸潤以及纖維化病變為基礎的一組臨床綜合征。 藥物、代謝異常、免疫、感染、血液系統疾病、梗阻性疾病以及腎移植排斥等均可引起慢性間質性腎炎。藥物相關性慢性間質性腎炎應停用相關致病藥物，如解熱鎮痛藥、含馬兜鈴酸類中草藥、環孢素或他克莫司等免疫抑制劑以及鋁制劑等，根據病情酌情使用激素。代謝相關性慢性間質性腎炎主要是因為高尿酸血癥、低鉀血癥、高鈣血癥等，應進行降尿酸、補鉀、降鈣等治療。免疫相關因素包括干燥綜合征、系統性紅斑狼瘡、血管炎、韋格納肉芽腫、結節病等，主要針對原發病治療，可以使用激素等。