無痛腸鏡可讓病痛降低甚至感覺不到疼痛，做腸鏡之前用全身靜脈麻醉藥物使患者進入睡眠狀態，在做腸鏡檢查過程中還會持續用短效麻醉和鎮靜藥物，所以在做腸鏡檢查過程中幾乎感覺不到痛苦，患者清醒時腸鏡已經做完。 做完以后可能殘留不適癥狀，因為在做腸鏡時，鏡身對腸道有牽拉和刺激，如做完以后腸道牽拉狀態未解除，可能會維持一段時間不適。短則1-2天，長則需要一周。如果做腸鏡時做了息肉活檢、切除息肉或切除腸道黏膜等治療，腸鏡結束后患者可自覺不適，甚至出現便中帶血。