e抗原陰性主要指乙肝五項中第三項呈陰性，常見于"小三陽"，即一、四為陽性，提示乙肝病毒復制處于相對較低水平，乙肝處于相對穩定時期，此時對患者有益。部分e抗原陰性患者可能不是由于乙肝復制量相對較低，可能是由于乙肝病毒變異，即乙肝C區變異導致乙肝e抗原無法合成，此時乙肝復制也并非處于較低狀態，治療較為困難。此時的e抗原陰性不同于"小三陽"，需要醫生更多關注與了解。