任何手術皆有一定風險。腕管綜合征雖為小手術，但如果做手術，醫生也會提前交代相應并發癥、風險性，如麻醉風險、切口感染風險，這些為所有手術都可能存在的風險。對于腕管綜合征手術本身，因是非常精細的手術，多在顯微鏡下進行，相對風險小。但做腕管綜合征手術時，需注意正中神經的返支，返支從正中神經邊緣分出，但位置不恒定，多數情況在腕管遠端，但個別病人也會出現中部甚至近端發出的情況。 做手術時要注意保護正中神經的返支，如果正中神經返支沒有得到良好保護，在術中牽拉甚至切斷，后果較嚴重，會造成大魚際肌萎縮，甚至局部麻木癥狀不能得到緩解。危險性為墩柱區疼痛，因瘢痕在手掌根部，而手掌應用較多，特別對有瘢痕體質的病人。做完手術后，局部瘢痕組織增生，局部肥厚且有疼痛表現。