造成稽留流產的原因有多種，常見的包括遺傳原因，比如夫妻雙方存在染色體異常，或者夫妻雙方的染色體正常，但是本次妊娠孕囊的染色體異常，也可能會導致稽留流產。還有一種原因是內分泌異常，包括女性甲狀腺功能異常、甲狀腺功能亢進、甲狀腺功能減低，也可能導致稽留流產。女性的高凝狀態、血栓前狀態會影響到孕囊的血運，也可能出現稽留流產。還有女性解剖異常，比如子宮內膜有息肉或者有宮腔粘連，或者有子宮肌瘤等異常，也可能影響到胚胎，造成稽留流產。還有一些因素是免疫性因素，或者其他因素，多種原因均可以導致稽留流產。還有流產進行詳細的病因篩查后，不一定能找到明確原因，稱為不明原因的稽留流產，這種情況在臨床上也并不少見。