玻璃酸鈉注射后，最常見的副作用主要為疼痛、過敏及關節腔的感染。一般疼痛多見于注射后，玻璃酸鈉對于局部軟組織的刺激，此種疼痛可以維持2-3天后自行消失。對于維持時間較長的疼痛，可能是由于患者膝關節周圍的肌肉處于一種痙攣狀態，在注射過程中相對形成刺激。另外可能為過敏，經常表現為發熱及瘙癢，而發熱經常表現為注射后迅速發熱，應與關節腔感染引起的發熱進行鑒別。 關節腔注射最罕見的副作用為關節腔的感染，通常在消毒條件較嚴格的正規醫療機構中很少發生，多見于糖尿病患者，由于血糖比較高、控制不佳，以及癌癥、放化療的患者，或免疫力具有先天缺陷的人群，此類患者在進行關節腔注射時，應謹慎對待。