大多數情況下，藥物流產之后的副作用較小。藥物流產通常使用的藥物是米非司酮和米索前列醇。這兩種藥物，在藥流的時候使用的劑量較小，導致副作用的可能性也比較小。但是在部分特殊情況下，有可能也會產生較嚴重的副作用，具體如下：1、過敏：米索前列醇是一類前列腺素制劑，患者使用后有出現過敏的可能。可能會出現比較嚴重的過敏反應，如過敏性休克、喉頭水腫，影響呼吸道，從而導致威脅生命的情況。所以在服用米索前列醇，通常建議要在醫生觀察的條件下去使用；2、出血：在藥物流產的過程中，有較多女性能夠完全流干凈，但是還有部分的女性，有可能會出現流產不全的情況，甚至有可能會出現大量的出血。當出現大量出血，需要做急診的清宮手術。如果藥物流產不全僅有少量出血，往往會采用先觀察的方法。在觀察期間，如果能夠完全排出，也不會有明顯的副作用。但是有部分患者，會出現有少量的殘留，以及持續的少量出血，時間持續之后，有可能會導致出現盆腔炎，或者是生殖系統感染的幾率會明顯增加，有可能會對后續的生殖帶來不良的影響。