甲硝唑可以放于陰道內，通常選取甲硝唑陰道制劑，如甲硝唑陰道凝膠。此藥主要針對陰道部分炎癥，比如滴蟲性陰道炎、細菌性陰道炎等，常建議全身與局部用藥相結合，同時陰道局部使用甲硝唑陰道凝膠，早晚各一支放入陰道內，進行連續7天的聯合治療效果更佳。部分情況下無法口服和陰道局部用藥，單一口服用藥或陰道局部用藥也可，需要根據患者病原體種類及具體情況進行藥物選擇。妊娠期間可使用甲硝唑，但需謹慎使用，應與病人充分溝通后再進行使用。