無痛胃鏡麻醉時間較短，麻醉藥起效快，代謝快，作用為一過性的，一般不會對患者的身體造成太大的危害，只是讓患者從清醒狀態進入到比較深的睡眠狀態。也就是在門診做無痛胃鏡檢查時，與常規在手術之間進行的麻醉狀態還是有所不同。麻醉狀態會讓病人的睡眠深度更深，達到麻醉的深度。但是在門診的時候，使用的鎮靜藥物使用量會較少，只需要讓患者進行入睡的狀態就可以，所以相對于麻醉更安全。 在使用麻醉藥物讓患者進行睡眠的狀態就可以耐受胃鏡的檢查，因此是相對較安全的一種麻醉方式。無痛胃鏡檢查和普通胃鏡檢查一樣，醫生操作和檢查的方式一樣，不會由于麻醉狀態在患者沒有知覺的狀況下進行操作，而導致患者所擔心的可能會受傷，可能會出現胃穿孔等狀況。當然，無痛胃鏡在實施前，一般會需要麻醉醫生做麻醉前的評估，某些患者是不適合做無痛胃鏡，風險會比較高，比如嘔血的患者，重度呼吸功能障礙的患者，心功能不全的患者等。