MR即為磁共振，對軟組織的分辨率高，且具有多參數，對顯示原發性肝細胞癌有很好的優勢。在磁共振檢查中，原發性肝細胞癌通常表現為T1呈低信號、T2加權呈高信號、彌散加權呈高信號，增強掃描表現為動脈期富血供。動脈期明顯強化，肝動脈的供血強化程度高于正常的肝實質，表現為高信號。 在門靜脈期，強化會消退，表現為信號低于肝實質，原發性肝細胞癌磁共振上的強化特點以快進快出為主要表現。在延遲期，病灶周邊會出現環形假包膜。磁共振可很好的顯示出原發性肝癌瘤灶的大小、分布、數量及是否有門靜脈癌栓、肝門淋巴結轉移，尤其對于肝硬化的患者，肝臟內多發的結節是肝硬化結節，還是已發生的癌變結節，具有較好的鑒別診斷價值。