試管移植失敗后，胚胎可能被機體吸收，或者跟隨子宮內膜、子宮腔內的分泌物被排泄。試管胚胎移植的胚胎進入后，通常在移植之后的第三天左右，進行胚胎和子宮內膜之間的互相的對話，包括胚胎識別位置、定位、黏附、著床。如果錯過對話的時機，胚胎和子宮內膜之間的對話失敗，導致胚胎并沒有完成定位、黏附，沒有完成滋養層細胞扎根到子宮內膜里，意味本次移植失敗了，移植失敗之后的胚胎就會跟著子宮腔內的分泌物排出，即使不排出去，也不再繼續分裂、增長，而是會出現自身的崩解和壞掉，不再接著往下一步進行繼續的生長發育。影響試管胚胎移植之后的因素，一方面是女性年齡，高齡的女性尤其超過35歲，甚至40歲的女性，卵子質量會直線下降，卵子的染色體異常和所形成的胚胎的染色體異常幾率，也會明顯的直線上升。所以高齡的女性，在同樣的胚胎種植進去之后，更易不成功。另一方面是子宮內膜因素，女性子宮內膜的容受性、子宮內膜的形態以及子宮內膜的厚度、子宮內膜的血流等，都會影響試管胚胎移植。如果子宮內膜出現問題，容易導致移植失敗。另外子宮內膜如果出現息肉，或者出現子宮腺肌癥，或者子宮腔的微環境不好，也會影響種植的成功率。