對于目前的醫療水平，鼻息肉手術的較大后遺癥是鼻息肉復發。鼻息肉通常與個人體質有關，嗜酸性粒細胞增多的患者更易在手術后出現鼻息肉的復發。醫生在患者術前談話中會說明鼻息肉手術的風險，若患者出現風險，則屬于手術的后遺癥。若損傷到患者篩骨的水平板，可能會造成腦脊液鼻漏。若損傷到患者眶紙樣板，則會造成眼球運動障礙、眶內感染等。對于目前現有的醫療水平，尤其鼻腔手術導航的存在，患者發生嚴重并發癥的可能性較小。鼻息肉手術后患者需口服糖皮質激素，使用抗生素，同時使用鼻用的糖皮質激素以及黏液促排劑，使鼻腔鼻竇的炎癥盡快得到引流、恢復。在術后醫生通常會根據患者的恢復情況，間隔2周或1個月進行鼻腔鏡下的清洗復查。