腦干先兆性偏頭痛，實際上是指基底動脈先兆性的偏頭痛，可能和基底動脈重要的后循環血管的功能收縮障礙有關系，患者會出現眩暈、惡心、嘔吐，或者短暫一過性的意識模糊、偏頭痛。此類病人需要跟后循環腦梗死進行鑒別，如果患者初次發病，是需要進行嚴密觀察有沒有后循環梗死的發生的可能性，因為從臨床表現很難與后循環腦梗死的初次發病，很明確地鑒別，尤其在急診，沒辦法進行很好的血管評估的情況下，需要進行嚴密觀察。此類患者預防的治療方法和偏頭痛類似，要避免咖啡因、腌制的食物、過度疲勞、生活不規律等誘發偏頭痛發作的誘因。還需要對血管危險因素進行評估和進一步的干預，包括血壓、血糖、血脂以及血管性的病變的評估，包括冠心病、外周血管病變等。