肛周疼痛是一種比較常見的肛周臨床表現，主要發生的原因可能和肛周炎癥性疾病有關，比如肛裂、肛竇炎、肛周膿腫、肛瘺等，肛周的炎癥性疾病常會在肛周出現紅、腫、熱、痛等炎癥反應。慢性肛周炎癥如肛瘺等，紅、腫、熱的感覺并不明顯，而是在肛周出現經久不愈的潰瘍，疼痛盡管不嚴重，但按壓時，會有膿血性分泌物不斷流出。肛瘺患者只有將瘺管完整切開，使新生肉芽組織由內向外生成，才能徹底治療。肛周疼痛另一個常見原因是肛周膿腫，而肛周膿腫常是肛瘺的前身，因此對于肛周膿腫，應及時進行切開引流，并且要注意肛周膿腫進展為肛瘺。有時肛周疼痛是肛裂造成，多數肛裂很難自行愈合，只有進行適當的手術和藥物治療，才能加快肛裂等感染疾病的治療。