幽門螺桿菌的檢測方法非常多，大體分為侵入性和非侵入性檢查。臨床上進行普查或者病人在門診進行的廣泛篩查是尿素呼氣試驗，有碳13呼氣試驗和碳14呼氣試驗兩種。首先病人空腹，然后先吹一口氣，給病人吃一粒同位素尿素，可以含碳13或者碳14，過半個小時再呼一次氣，測量同位素的碳濃度，給出準確數值，而且也是指導臨床治療療程和治療以后復查隨訪的方式。 還有一部分條件有限，可以抽血查幽門螺桿菌抗體，但是不管是遠期感染還是現癥感染，抗體都可以表現為陽性，所以不能用于指導治療的方式，還是需要進行呼氣試驗；應用的比較多的檢查是做胃鏡的時候，在胃竇附近幽門5cm范圍內的位置取一小塊標本，然后做快速尿素酶試驗，既可定位也可定性，能夠根據變色程度不同，給出感染嚴重程度的差別。 在做胃鏡的時候會根據病情取得活檢，有時候在顯微鏡下能夠看到幽門螺桿菌，稱為病理活組織檢查。科研方面可能刻意的去捕捉細菌，但是臨床在正常胃鏡下，不會常規取病理活組織尋找幽門螺桿菌。