治療早期肛周膿腫的特效藥，主要是抗生素藥物，可以用抗厭氧菌的甲硝唑、奧硝唑，另外再加頭孢類抗生素，如三代頭孢、二代頭孢，都可以，經常用的有頭孢曲松、頭孢唑肟等，加抗球菌和抗厭氧菌的藥物，同時使用效果可能會更好。口服可能沒有輸液效果那么好，所以如果是早期的肛周膿腫，一旦診斷明確，在膿腫還沒有液化形成之前，又不便于做手術，這時候可以用消炎藥，即應用抗生素藥。局部還可以外敷一些中藥，如活血、消腫中藥，還可以進行局部熱敷。如果藥物治療效果不好，局部腫塊增大，甚至有時會有液化、劇痛，部分患者還有發熱的癥狀，這時就不能再用藥物治療，要及時進行手術治療。