慢性咽炎反復發作的原因，一方面是由于病人抵抗力的下降，有慢性的疾病。另外，由于病人工作環境或者生活環境長期有空氣污染或者粉塵，或者病人本身長期吸煙、喝酒等習慣，還有可能病人本身咽喉鄰近器官有病變，如鼻炎、鼻竇炎，病人就會出現長期的咽炎，因為鼻炎、鼻竇炎有分泌物，長期倒流刺激咽喉炎癥。如果進行鼻內鏡的檢查，有鼻炎、鼻竇炎，要給予適當地治療，例如鼻噴劑、激素類藥物，進行噴鼻，以及給予鼻減充血劑，像麻黃素或達芬霖(鹽酸羥甲唑啉噴霧劑)進行噴鼻，緩解鼻塞癥狀，控制鼻腔分泌物倒流，通常病人慢性咽炎的癥狀會完全根治。另外有一部分人是由于胃腸道的疾病，比如胃酸反流，引起咽喉長期受到刺激，這時可以給予抑制胃酸的藥物，如質子泵抑制劑、雷貝拉唑或奧美拉唑進行治療。