男性尿道流膿刺痛一般推薦服用抗生素和清熱通淋的中成藥，其中抗生素包括左氧氟沙星、頭孢克洛或阿奇霉素，而清熱通淋的中成藥包括癃清片、八正膠囊、復方金錢草等，需要根據患者的具體情況選擇合適的藥物。大部分男性尿道流膿刺痛是普通細菌感染所導致，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌，常與男性包皮過長、平時不注重個人衛生、有包皮炎或包莖有關，所以一般男性尿道感染首選抗生素治療，而其中首選抗生素是左氧氟沙星，因為喹諾酮類抗生素對此類細菌覆蓋較好，殺菌力強，并且在尿液中有效殺菌濃度比較高。但如果是小于18歲的男性，因為喹諾酮類抗生素會影響骨骼發育，此時建議服用頭孢類抗生素，如頭孢克洛。而如果男性尿道流膿刺痛被證實是淋病所引起，則建議口服或靜脈使用頭孢類抗生素，其中口服抗生素同樣建議選用頭孢克洛。另外，如果是非淋菌性尿道炎，即支原體、衣原體引發的感染，建議服用大環內酯類抗生素，如阿奇霉素。另外，在使用抗生素的同時還可以使用清熱通淋的中成藥，從而使患者癥狀可以較快改善。