判斷錯頜畸形是骨性還是牙性要根據臨床檢查的結果，配合X線片子和投影測量結果進行綜合判斷。骨性錯頜畸形是因為上頜骨、下頜骨過度或發育不足造成的面部和牙齒畸形。牙性錯頜畸形是因為牙齒排列不齊，生長的方向、方式不正確導致的錯頜畸形。骨性錯頜畸形和牙性錯頜畸形在治療上有很大差別，所以要準確判斷錯頜畸形是骨性還是牙性的。首先正畸科醫生要對牙齒錯頜的類型、程度進行判斷，通過專業的檢查，查看牙齒的排列關系，在一定意義上能建立初步的印象。其次要進行正規的、專業的X線檢查，在專業的X線檢查后要在X線片子上進行定點、測量，通過測量某些角度和長度的變化來診斷是骨性還是牙性錯頜畸形。