如果已經懷孕胚胎著床，再吃避孕藥可抑制子宮內膜增生，引起胎停育，甚至流產。沒有真正著床之前吃避孕藥，隨著避孕藥代謝后胚胎才著床，人體此時再分泌孕激素，可對胎兒影響較小。一旦已經著床，吃避孕藥可對子宮內膜、卵巢功能抑制較明顯，可出現生化妊娠，甚至胎停育。另外，女性朋友比較關心的就是避孕藥是否會引起胎兒畸形，理論上短效避孕藥和緊急避孕藥雖然雌孕激素比例不一樣，但一般均不致畸。只是可能引起卵巢功能減退，當卵巢功能下降時，分泌的黃體酮孕激素較低，可引起胚胎發育不良，引起生化妊娠，還有胚胎停育等不良孕史。