嚴重的牙周炎除菌斑控制、潔治、刮治、根面平整外，在穩定期可進行上翻瓣手術和正畸。重度牙周炎晚期牙齒會松動、咬合無力、牙齒變位，可在炎癥控制住穩定情況下做正畸治療。若牙齒已經松動可拔除后，再進行修復治療，即鑲假牙。 重度牙周炎可以配合全身藥物治療，如果由牙齒未及時治療形成重度牙周炎，需要做系統的牙周規范化潔治、刮治、根面平整、翻瓣手術、正畸等。如果存在全身疾病，如高血壓、糖尿病、免疫系統的疾病時，需配合全身用藥。