基因突變癲癇病絕大部分會好。基因突變的癲癇跟普通癲癇區別其實不大，癲癇分原發性癲癇、繼發性癲癇、隱源性癲癇，都需要用藥或者用一些外科治療、電刺激術，去進行治療控制，如果不用藥，自己恢復不太可能。用藥包括傳統的抗癲癇藥和新型的抗癲癇藥，癲癇的藥物層出不窮，可以選擇的也很多。除了藥物以外，隨著科技的發展，癲癇的治療有越來越多的技術，比如迷走神經電刺激術，即在腦內植入一個迷走神經電刺激儀，還有經顱磁刺激、外科手術、生酮飲食等。越來越多的手段來干預和治療癲癇，原來只有藥物治療，現在很多手段都可以治療癲癇。不論是基因突變的癲癇，還是繼發性癲癇，比如外傷后的、手術后的繼發性癲癇都有好的可能。