左側腋窩下隱隱作痛的原因如下：1、皮脂腺囊腫：左側腋窩有皮脂腺囊腫，是常見疾病，通常是毛囊阻塞所致。患者可以去醫院普外科或皮膚科進行明確，如果為該疾病，需要盡早行手術切除，以防止出現紅腫和破潰；2、脂肪瘤：當脂肪顆粒在局部異常匯聚，增大并增多時，就會引起局部出現明顯疼痛，需查彩超或CT等進行明確；3、淋巴結腫大：淋巴結是身體免疫器官的一部分，有許多的淋巴細胞和免疫細胞。當細胞增大、增多時，就會引起淋巴結腫大和疼痛，需要完善相關檢查才能夠明確病因，如血常規、C反應蛋白、彩超等。有時還需要做淋巴結的穿刺活檢，或切除活檢以明確性質，根據檢查結果給予相應的治療。