腦CT可以檢查絕大部分的腦部疾病，比如腦梗塞、腦出血、腦腫瘤、腦炎。腦CT還可以排查很多疾病，包括腦血管病、炎癥性疾病、腫瘤性疾病。腦CT在腦梗塞的24-48小時之內可能不顯影，但48小時之后，腦CT就可以顯影，一些小梗塞可能不顯影，但稍大一點的梗塞可以看到。腦出血、腦腫瘤拍腦CT可以第一時間看到，一目了然。絕大部分的腦炎可以通過腦CT看出病灶，但有部分腦炎病灶不明顯，或者腦CT影像與普通腦組織影像相似，所以也有可能看不到。腦CT診斷帕金森或癲癇不是那么明顯，癲癇主要通過腦電圖，帕金森可以通過核磁共振或者PET-CT。CT還可以看CTA或者CTP，其中CTA是CT底下的血管成像，CTP是CT底下的灌注成像。