腦血栓手術后并發癥主要是操作過程中造成血管損傷，例如整個操作過程中導致導管對血管損傷，引起出血或者造成血栓形成改變，這是在手術中要考慮的問題。操作球囊或者支架過程中，器械在血管中對血流有影響，可能引起血栓形成，手術后血管通暢性保持程度是關注要點。 手術后血管保持通暢，病人恢復就好，手術后可能會因為血管內異物或者血管內膜損傷，會造成遲發性血栓形成，導致血管閉塞，可能血管不通暢導致遠端血管閉塞，引起腦梗塞改變，出現相應癥狀，例如偏癱、言語不清，或者視蒙改變。在手術后必須要密切關注手術病人神經系統癥狀改變，密切監護病人。