肝囊腫主要是以CT更為準確，但以B超作為首選的檢查方法，因為B超經濟便宜，而且無輻射，針對肝囊腫也可以準確地顯示出其內部的相應的結構，所以肝囊腫做B超的檢查是作為首選。但是CT精度更高，能夠更準確地顯示肝囊腫的部位、大小、與周邊的血管的關系，以及內部是否有出現異常，如是否合并感染、出血、膽漏等可能性。還有肝囊腫的囊壁的炎癥程度、增厚程度等，都可以在CT上面比較明確地顯示。一般需要CT的增強掃描，進行肝囊腫與囊腺瘤或者囊腺癌的鑒別。但CT相應的費用會更貴，而且具有輻射性，所以肝囊腫一般如果在B超無法確診的情況下，可以再進行CT來綜合的輔助檢查。因為B超和CT的工作原理不同，CT的工作原理主要是通過射線，而B超的工作原理主要是通過超聲回聲，所以這兩個檢查一般可以作為互為補充的效果，并不是單一存在。