肝臟產生膽汁后排入膽道后再進入腸道，經過代謝和循環后回到肝細胞，這一循環當中任何環節出現問題都會導致膽汁酸異常，可以分為肝內和肝外原因。肝內多是因為肝本身原因引起，比如各種原因引起肝炎、肝細胞損害、酒精性肝病或者病毒性肝病，肝細胞損害以后代謝排泄較差，所以膽汁酸偏高。 各級膽道的阻滯、淤滯亦會導致膽汁酸升高，比如膽囊結石、肝內膽管結石或者膽道畸形造成排泄困難。從中醫角度講是因為肝膽不利、疏泄失常引起，去除原因后膽汁酸可能能夠恢復正常。對于妊娠性膽汁酸升高者，妊娠過后也能夠恢復正常，但有病毒性肝炎或者不可逆損傷者，膽汁酸恢復正常可能較困難。