服用抗甲亢藥物不會影響月經，但甲亢的患者常合并月經紊亂。所以導致患者出現月經紊亂的原因并非服用抗甲亢的藥物，而是由于甲狀腺激素分泌增加所導致，表現為停經或月經量過少。抗甲亢藥物主要的不良反應是可能會導致白細胞下降或肝功能指標增加，所以對于服用抗甲亢藥物的患者，在定期監測甲功的同時也要檢查血常規以及肝功能。若查血常規顯示白細胞下降、肝功能指標升高，則患者服用抗甲亢藥物的劑量需減半。若患者出現明顯的白細胞下降以及嚴重的肝功能指標升高，則需停用抗甲亢藥物。甲亢的患者可以出現月經紊亂，但當患者的甲功恢復正常后，月經也可以恢復正常。