半邊頭痛可掛神經內科或掛疼痛科，這兩個科室均可精確診斷其病因、病灶。其中疼痛科可精確診斷病因，比如是偏頭痛發作引起，還是鼻竇炎引發，又或者是頭面部三叉神經的眼支神經出現疼痛發作。此外，半邊頭痛也可能存在其他器質性問題，如腦炎、腦腫瘤，或者是大腦下半邊出現腦血管畸形、動脈瘤，甚至腦血栓或腦出血，從而并發半邊頭痛。