服用緊急避孕藥有很大可能會導致月經紊亂，緊急避孕藥是高效的孕激素，應用1次即停服后，激素水平會下降，會出現撤退性出血。撤退性出血出現之后會影響女性月經的來潮，月經周期被打亂，部分患者可能服用1-2次，2-3個月后月經周期才會重新建立。因此緊急避孕藥不是正規的避孕方式，可能會導致月經紊亂，尤其本身月經周期不是非常規律的女性，服藥后更容易導致月經紊亂。服用緊急避孕藥除導致月經紊亂，還有可能導致避孕失敗，包括增加宮外孕發生的機會，所以不推薦應用緊急避孕藥。推薦服用的避孕藥是短效口服避孕藥，不會導致月經紊亂。相反，短效口服避孕藥可以治療月經紊亂，治療異常出血，使月經更加規律。