室間隔缺損修補手術后的后遺癥現在發生率已經非常低，基本上不到1%，但是偶爾有手術后的患者可能會發生，比如房室傳導阻滯。另外，因為修補室間隔缺損，缺損周圍能會出現一個殘余瘺。 還有室間隔缺損修補之后不同位置的室間隔缺損，比如干下型室缺修補，本身手術之前可能會出現主動脈瓣反流，修補之后有可能反流依然存在，甚至遠期主動脈瓣反流會加重。如果缺損在三尖瓣，修補完室缺之后有可能補片牽拉三尖瓣，可能會出現一定反流，遠期三尖瓣反流可能會加重。