宮頸癌疫苗二價、四價和九價的效價不同，針對的HPV型別有差異：1、二價疫苗：針對HPV16和HPV18型；2、四價疫苗：與二價疫苗類似，多了HPV2型、HPV6型和HPV11型，但HPV6型和HPV11型不是高危型，是低危型，只是引起宮頸和外陰的尖銳濕疣改變，因此四價和二價的疫苗作用對于預防宮頸癌其實相似；3、九價疫苗：九價的疫苗是后開發的，是在四價疫苗的基礎上增加了5型的HPV亞型，包括HPV31型、HPV33型、HPV52型、HPV58型和HPV45型，對于中國人而言這5種類型在臨床上是HPV感染中比較常見的類型。因此九價疫苗針對的亞型更多，針對這5種亞型引起的宮頸癌也有一定的預防效果，通常HPV16、HPV18型大約引起70%以上的宮頸癌，加上這5型可導致90%以上，因此九價疫苗效價更高一些。