關于睡眠呼吸暫停低通氣綜合征藥物治療，目前并不是特別成熟，很少有非常有效且相對副作用小的藥物能夠用于疾病治療。因此，在臨床上不推薦患者首選藥物治療。 僅對于少量患者，比如合并有甲狀腺功能減低的情況，因為甲狀腺激素不足，造成全身各個臟器或者器官組織水腫，可以通過補充甲狀腺激素的方法減輕臨床表現。但對于其它疾病，比如肥胖、扁桃體肥大、小下頜等原因引起者，臨床上目前沒有很好、有效藥物能夠幫助疾病緩解。