巧囊也稱卵巢的巧克力囊腫，為子宮內膜異位癥的常見類型，其做試管嬰兒的成功率與其它原因做試管嬰兒的成功率相同，而且成功率較高，可以達到60%左右。由于巧克力囊腫多因素可以導致不孕，所以該癥常伴有不孕，巧克力囊腫處理后沒有懷孕也為做試管嬰兒的指征之一。巧克力囊腫做試管嬰兒成功率較高，主要因目前大多數醫生采用超長方案有關，因為此方案可以改善巧克力囊腫患者的子宮內膜容受性，使得患者著床率增高，所以成功率較高。雖然部分巧克力囊腫破壞卵巢功能，但如果患者較年輕時有優質的卵子和胚胎，通常存在成功的機會。