對于低危型HPV感染皮膚表現為尋常疣，呈米粒大小的丘疹表面角化明顯、粗糙不平、頂端刺狀、質地堅硬。皮損可單個、也可多個，可自身接種而逐漸增多。發生在手足部位低危型HPV可表現為甲周疣，甲下增厚、角化，足跖部位皮損表面因受壓可出現出血點及黑點。患者面部及軀干感染，可表現為絲狀疣和扁平疣。 外生殖器感染HPV可表現為生殖器疣，即尖銳濕疣，包括三種狀態，即典型的表現、亞臨床表現、潛伏感染。典型表現可以為肉眼可見的典型皮損，可以表現為乳頭瘤狀、菜花狀、顆粒狀、雞冠狀。亞臨床表現為肉眼不易辨認，需要借助放大鏡或者醋白試驗才能觀察到。潛伏期感染是HPV進入皮膚黏膜的細胞內，不引起任何臨床表現和組織細胞學的異常，僅通過分子生物學的方法，如核酸雜交等在皮膚黏膜的細胞中檢測。 HPV感染的易發部位包括女性外陰、陰道、宮頸，肛門周圍、肛管內及尿道口，男性的外陰、陰莖、睪丸表面、尿道口、肛門周圍及肛管內，其少見部位包括腋窩、臍窩、乳房下，亦可發生于特殊部位，表現為口腔黏膜表面的疣狀損害、復發性呼吸道乳頭瘤等。對于高危型HPV感染，皮膚可表現為鱗狀細胞癌、基底細胞癌、帕哲病，上皮性腫瘤也與此類病毒感染有關。此外，高危型HPV感染可能導致宮頸癌、肛門肛管癌、扁桃體癌、口腔癌、喉癌、食道癌等。