椎間孔鏡手術與其他手術一樣，都有一個學習曲線，在學習曲線過程中不可避免地會產生一些手術后遺癥，比如在初學手術早期，常常會出現椎間盤切除不干凈，髓核殘留等并發癥。另外，手術以后深部感染，手術過程中由于解剖結構不熟練導致的血管、神經或者硬膜損傷，都是腰椎間孔鏡手術后遺癥。隨著手術技術的不斷成熟，比如切除不干凈或者血管神經損傷并發癥或者后遺癥都在逐漸下降。 目前最常見的腰椎孔鏡后遺癥主要是手術以后腰背部或者髖部輕微不適感，隨著活動增加，不適感會逐漸減輕。另外，還有一個比較多見的后遺癥或者并發癥，是椎間盤突出復發，每一個治療椎間盤的醫生，都會面臨這個問題，所以無論什么情況下，給患者進行椎間盤突出手術，都要給他手術以后康復教育。健康在于教育，腰病三分治，七分養，切除突出髓核，還要告訴患者正確的生活方式和康復訓練方法。