肛門癌能夠被徹底治愈的可能性不大，醫學上用于評價肛門癌治療的效果，通常使用5年生存率來表達。如果沒有遠處轉移，肛門癌患者的5年生存率，即做完手術，或相應的化療、放療后5年還能夠存活的大概是59%，但如果有遠處轉移，可能不到20%，因此有無淋巴結轉移是影響肛門癌患者5年生存率的重要因素。其他影響患者5年生存率的因素，還包括肛門癌的浸潤深度，通常浸潤程度越深生存率越低。而且由于肛門癌中含有不同類型的腫瘤，即肛門癌是由多種惡性腫瘤而構成的名詞，因此不同種類肛門癌患者的生存率存在相應差異，但總體肛門癌的治愈率比較低。