腸道疾病是籠統稱呼，腸道疾病最常見的為胃腸炎和細菌性痢疾，甚至病毒性感染導致結腸炎表現。這類表現主要是腹痛、發熱、腹瀉，大便性狀改變，甚至出現黏液膿血便。藥物治療主要是對因治療，針對病毒或細菌進行治療。還有胃腸黏膜保護藥治療，可加用調節腸道菌群藥物糾正腸道菌群失調。 還有炎癥性腸病，炎癥性腸病是自身免疫發病，癥狀主要是腹痛、腹瀉，典型出現黏液膿血便，病情反復遷延。治療主要以5-氨基水楊酸類藥物，主要是美沙拉嗪。如果治療效果不佳時，病情炎癥沒有明顯控制，必要時進行激素治療，甚至免疫抑制劑治療。 腸道疾病除上述外，還包括器質性疾病，如息肉甚至腫瘤，通過結腸鏡檢查得到確診，可考慮內鏡下切除治療，必要時需手術治療。