如果是細菌感染引起，必須使用抗菌素控制感染。如果是物理化學因素引起，需要杜絕物理化學因素造成的炎癥。臨床還是以細菌感染為主常見，所謂根治就是這次治好以后永遠不會再發尿道炎。但每次尿道炎都有一個發生、發展和治愈的過程，不保證這個過程在下一次感染的時候不會重復出現，所以不能根治，但這一次的尿道炎可以治愈。 比如在體內酸堿不平衡的情況下，出現堿中毒或酸中毒的時候，可以通過尿里的pH值表現出來。這個酸堿度的變化也可以引起尿道的刺激癥狀，在某種意義上來也可以是一定程度的尿道炎。此時糾正了酸中毒和堿中毒以后，炎癥也就不存在了。但是大部分的尿道炎都是因為細菌活動出現，因此有效的抗菌素治療是治療尿道炎的重要因素。