對于CT而言，如果能看到間質瘤，一般能看到類似于球狀的實性腫塊，這種腫塊可能邊緣比較光滑，與周圍組織沒有明顯的侵犯，這是一種典型的CT表現。CT尤其是增強CT是評價胃腸道間質瘤的常規辦法，可以幫助了解胃腸道間質瘤的大小、形態以及它與周圍組織的關系、是否有其他物質的轉移，但是＜1公分的間質瘤，CT不一定能顯示出來。