寶寶如果只是單純的房間隔缺損，沒有合并其它心臟結構和功能的異常，同時又沒有相關的免疫缺陷或者染色體疾病等異常的免疫狀態，可以接種正常的疫苗。但是有部分房間隔缺損的寶寶抵抗力比較弱，在接種疫苗之后容易引起疫苗接種的反應，比如發熱、皮疹，或后期引起相關的不良反應等，所以有部分疫苗接種對于房間隔缺損的寶寶比較慎重，甚至在畸形矯正之前可能無法按時接種相關的疫苗。 但是有部分房間隔缺損可以自愈，隨著時間的發展房間隔缺損如果逐漸自愈，也可以進行相關的疫苗補種。還有個別寶寶后期房間隔缺損，可以通過介入手術或者先天的心臟外科修補手術，進行先天畸形的矯正，矯正之后心臟結構和功能就可以恢復正常，此類寶寶也可以進行正常免疫的補種，或按時、按期的正常接種疫苗。