部分患者尿道下裂會有后遺癥，常見后遺癥包括術后出血、陰莖水腫、傷口裂開、傷口愈合不良、尿道狹窄、尿道瘺、尿道憩室、術后陰莖外觀欠佳等。尿道下裂術后后遺癥較多是手術的難點，以至于全世界有300余種尿道下裂的手術方式。 尿道下裂的后遺癥與尿道下裂嚴重程度、患者就診年齡、手術情況和術后護理相關。而尿道下裂分型越重，出現并發癥機會越多。如果患者年齡較大，由于皮膚條件較差，同時皮脂腺過度分泌，可能會增加并發癥幾率。而患者就診年齡越小、分型越輕，出現并發癥幾率越小。因此，建議尿道下裂的患者及早就診，最好在3歲前完成手術。